L'isola è, a differenza delle vicine Ischia e Procida, di origine carsica. Inizialmente era unita alla Penisola Sorrentina, salvo essere successivamente sommersa in parte dal mare e separata quindi dalla terraferma, dove oggi si trova lo stretto di Bocca Piccola. Capri, presenta una struttura morfologica complessa, con cime di media altezza (Monte Solaro 589 m e Monte Tiberio 334 m) e vasti altipiani interni, tra cui il principale è quello detto di "Anacapri".

La costa è frastagliata con numerose grotte, cale che si alternano a ripide scogliere. Le grotte, nascoste sotto le scogliere, furono utilizzate in epoca romana come ninfei delle sontuose ville che vennero costruite qui durante l'Impero. La più famosa è senza dubbio la Grotta Azzurra, in cui magici effetti luminosi, furono descritti da moltissimi scrittori e poeti.

Caratteristici di Capri sono i celebri Faraglioni, piccoli isolotti rocciosi a poca distanza dalla riva che creano uno spettacolare effetto scenografico e paesaggistico. A Capri non sono presenti sorgenti d'acqua potabile. Capri conserva numerose specie animali e vegetali, alcune endemiche e rarissime, come la lucertola dei Faraglioni che vive su uno dei tre faraglioni. La vegetazione è tipicamente mediterranea, con prevalenza di agavi, fichi d'india e ginestre. Il mare è ancora in buona parte pulito.

I principali centri abitati dell'isola sono Capri, Anacapri, Marina Grande mentre l'altro versante marino di Capri, Marina Piccola risulta meno abitato e ancora più soggetto al fenomeno della speculazione edilizia che ha investito tutta l'isola, con il tacito assenso delle amministrazioni che si sono susseguite dai primi anni 80 ad oggi.